Come già anticipato, il Governo dell'ATO viene esercitato attraverso la Conferenza tra l'Ente Provincia ed i 133 comuni (con esclusione quindi del comune di Milano) con le seguenti finalità:

• individuare e attuare le politiche e le strategie volte a organizzare e attuare il Servizio Idrico Intergrato (S.I.I.) per il conseguimento degli obiettivi previsti dalla presente legge e dalle normative europee;

• definizione della convenzione tra enti locali ricompresi nello stesso ATO per l'organizzazione del servizio idrico integrato;

• definizione dei contenuti del contratto di servizio che regola i rapporti tra l'Autorità e i soggetti su cui compete la gestione integrata del servizio idrico;

• ricognizione delle opere di adduzione, distribuzione, fognatura e depurazione esistenti e la successiva stesura di un programma degli interventi infrastrutturali necessari, accompagnato da un piano finanziario (Piano d'Ambito);

• determinazione del sistema tariffario del servizio idrico integrato e la definizione delle modalità di riparto tra i soggetti interessati;
  programmazione degli interventi infrastrutturali individuati nei piani d'ambito e i relativi oneri finanziari;

• vigilanza sulle attività poste in essere dai soggetti cui compete la gestione integrata del servizio idrico e il controllo del rispetto del contratto di servizio anche nell'interesse dell'utente;

• individuazione degli agglomerati;

• rilascio delle autorizzazioni allo scarico delle acque reflue industriali nella rete fognaria, acquisito il parere dei soggetti cui compete la gestione del servizio idrico integrato.

Nel caso gli Enti Locali interessati omettano le deliberazioni ovvero gli atti esecutivi di loro competenza, la Giunta Regionale esercita i poteri sostitutivi con la nomina di un commissario "ad acta" che provvede all'affidamento della gestione relativa al S.I.I. dell'intero ATO.

La rappresentatività degli Enti all'interno del Governo dell'ATO è riportata nel Capitolo CARTA DELL'AMBITO Provincia di Milano dove, con apposite tabelle e figure, si specificano i dati caratteristici dei comuni dell'Ambito Provincia di Milano.