L’Ambito territoriale ottimale della Provincia di Milano ha scelto, alla sua istituzione, la forma di cooperazione della Conferenza tra i sindaci e la Provincia di Milano, designata Ente coordinatore, che ne ha assunto la presidenza.

La Conferenza d’Ambito è l’organo di governo che si occupa dell'organizzazione e gestione del Servizio idrico integrato all’interno dell’ATO. Compito della Conferenza è quello di esprimere indirizzi ed orientamenti assicurando la cura e salvaguardia degli interessi di tutti gli enti partecipanti.

Alla Conferenza partecipano i sindaci dei Comuni e il presidente della Provincia appartenenti all’ATO o loro delegati. La Conferenza d'Ambito ha il compito di adottare i provvedimenti di rilievo per organizzare le gestioni dei Pubblici servizi di acquedotto, fognatura e depurazione.

• l’uso e la salvaguardia delle acque pubbliche per le generazioni future;
• il risparmio e rinnovo della risorsa nel rispetto del patrimonio idrico e dell’ambiente;
• l’utilizzo prioritario della risorsa acqua per il consumo umano;
• l’individuazione di una nuova organizzazione per ambiti ottimali dei servizi idrici basata su criteri idrografici e amministrativi;
• la fissazione di obiettivi connessi alla efficienza ed economicità nei servizi, di equilibrio economico nei costi e nei ricavi.

Gli organi dell’Ato, deliberati dalla Conferenza d’Ambito, sono:

Presidente della Conferenza. L'Art. 9, comma 1, del Regolamento prevede che l'Ente Locale responsabile del Coordinamento esprima il Presidente della Conferenza. Dal 26 giugno 2009 il Presidente della Provincia di Milano On. Guido Podestà è presidente dell’Ato Provincia di Milano

Comitato ristretto. Secondo quanto previsto dall’Art. 24 del Regolamento, il Comitato ristretto è l’organo composto da una rappresentanza dei sindaci dei Comuni della provincia, che ha la funzione di elaborare le proposte per le determinazioni da assumersi da parte della Conferenza

In seguito all’istituzione della provincia di Monza e Brianza, i membri rappresentativi della Provincia di Milano erano rimasti il sindaco di Solaro  (Renzo Moretti) e il vice sindaco di Legnano (Maurizio Cozzi): Con Deliberazione n. 02 della Conferenza del 18/05/2010, oltre al Presidente On. Guido Podestà, sono stati nominati i nuovi componenti del Comitato Ristretto dell’Ato della Provincia di Milano nella persona dei Sindaci dei seguenti Comuni: Carugate (Umberto Gravina), Sesto San Giovanni (Giorgio Oldrini), Pieve Emanuele (Rocco Pinto), Corbetta (Ugo Parini), Marcallo con Casone (Massimo Olivares), Paderno Dugnano (Marco Alparone), Peschiera Borromeo (Antonio Salvatore Falletta), San Giuliano Milanese (Luigia Greco), per un totale di 10 membri più il presidente.

Segreteria tecnica. Con Deliberazione n. 6 della Conferenza del 19/11/2001, è stato approvato l’organico della Segreteria Tecnica dell’ATO. In seguito il Presidente della Conferenza ha provveduto alle relative nomine.